水性絲印油墨因以水或乙醇作為主要溶劑，其在包裝印刷的應用上會出現一些問題，如霧版或印版色調轉印不實等。
1 印版色調轉印不實
水性絲印油墨以水為主要溶劑，水的表面張力較大，導致水性絲印油墨難以在承印物表面潤濕和流平，并且在印刷過程中水性絲印油墨酸堿值發生變化，導致轉印不實。現有解決方式可以降低水性絲印油墨的表面張力，或適當提高凹印水性油墨黏度，或采用多次少量的方式添加新墨，保證水性絲印油墨酸堿值的穩定。
2 出現霧版現象
在印刷過程中出現霧版現象，那是刮刀磨損部分對應的印刷圖案油墨沒有刮干凈存在殘余油墨導致的，此外刮刀容易磨損原因是水性絲印油墨的摩擦系數比溶劑型油墨高。在實際生產過程中一般可以采用耐磨性好的刮刀并加大刮印壓力，或者通過使用乙醇降低油墨黏度的方式進行調整。
3 干燥速度較慢
由于水的沸點比有機溶劑的沸點高，故采用水性絲印油墨的印刷品不易干燥，避免了臟版的印刷問題。在現有的解決方式中，可以將烘箱溫度提高至 80 ～ 90°C并加大鼓風量，同時為了能夠提高油墨的粘稠度并提高干燥速度，可以在油墨中添加少量乙醇。
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